本来車を下取りに出す時は「下取り査定」を受けます。
これはこの車をいくらで下取りできるかをプロの査定士が査定を行うわけです。
これには査定料がかかっています。
この査定を受けて提示されて価格が「査定額」ですから
次に買う新しい車の価格から、この下取り査定額を値引く形になります。
この査定後に、査定の金額を変更されてしまう事があるのでしょうか。

査定後の価格の変更はほとんどありません。
下取り査定が最終決定といえます。
しかし、査定を行うのも人ですからミスがあるのも事実です。
その場合はディーラーの方から事情の説明があり、
価格の変更を告げられることも稀にあるようです。

下取り査定の際にあなたが故意に事故歴を隠していたり、修理歴を偽ったりしていると
これはまた問題ですがそのようなことがなければ査定下側のミスになります。
このような場合の対処方法はどうしたらいいのでしょうか。

査定額が大きく変わらないのであれば素直に受け入れてもいいかもしれません。
しかし、大きく下がる場合などはすんなり受け入れるのは難しいですよね。
その時は時間をかけてディーラー側と話し合いを行いましょう。
お互いが納得した上で気持ち良く契約を進めていきたいものです。